安装完袋式除尘器初期运行显得尤为重要，尤其是启动后两个月之内的运行。这两个月之内是袋式除尘器容易发生故障的时期，要做到及时发现及时维护，才能达到稳定运行的目的。
1.处理风量：
为了稳定监督滤袋压力损失，运行初期往往采用大幅度提高处理风量的办法，让气体顺利流过滤袋。此时如果风机的电机过载，可用总阀门调节风量。所以，在开始时要经常观察压力计，也可以从控制盘上电流表的读数推算出相应的风量值。
2.温度调节：
用袋式除尘器处理常温气体一般不成问题，但处理高温高湿气体时，初始运行，若不预热，滤袋容易打湿，网眼会严重堵塞，甚至无法运行。另外，滤袋若不充分干燥，往往出现结露现象。准确预测袋式除尘器的露点是困难的，因此必须注意由于结露而造成的滤料网眼堵塞和除尘器机壳内表面的腐蚀问题。
3.压缩空气压力调整：
气动阀控制的反吹风袋式除尘器和脉冲喷吹袋式除尘器，都以压缩空气为动力完成清灰过程。把压缩空气调整到设计压力和气量，才能保证除尘器正常启动和运转。
4.除尘效率：
滤袋上形成一层粉尘吸附层后，袋式除尘器的除尘效率才能稳定。由于运行初期处理风量增加，袋式除尘器处于不稳定状态。因而测定除尘效率从运行若干天或1个月以后进行较好。在稳定状态下，颗粒很细的低浓度粉尘的除尘效率一般在99.5%以上。
5.粉尘的排出：
收集在灰斗的粉尘，既可以自动排出也可以手动排出，但必须按规定的顺序排出。运行初期，经常1天到数天都不排灰，这些粉尘在布袋上，一直达到除尘器的容尘量为止，此后按顺序排出。粉尘排出的周期不准确就不能形成稳定的运转制度。一般若回收的粉尘量过多是因为设计的入口含尘浓度值不准确所致。
6.滤袋吊具的调整：
袋式除尘器安装并使用1～2个月后，滤袋会伸长。滤袋变松弛后，一方面容易和邻接的布袋相接触而磨破；另一方面在松弛部分，由于粉尘堆积和摩擦而使布袋产生孔洞。另外，由于拉力消失，使清灰效果变差而产生滤袋网眼的堵塞。因此在设备安装1～2个月后应进行检查，并对滤袋吊挂机构长度进行调整。虽然弹簧式的滤袋吊挂机构可以不必调整，但也应经常检查，运转一年后，必须把不合适的弹簧换掉。