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气体纯度的因素
毛细管离子色谱仪使用气源的纯度要求必须在99.99%以上，但是许多操作者对于不同气相色谱仪检测器要求不同气源纯度的情况没有足够的重视。在使用中，有可能因气源纯度不够而导致毛细管离子色谱仪检测基线和限高不稳定。例如使用纯度为98%的氢气作为检测器的燃气气源，在检测器的104MΩ灵敏度挡位上使用时，可能由于氢气纯度不够而导致测器检基线严重不稳，就好像有永远显示不完的波峰。载气纯度不高含有微量氧时就会影响到毛细管柱的使用寿命。
气流比例的选择的因素
在使用检测器对样品进行分析时，需要N2-H2-Air火焰被点燃后转化为富氧焰，即空气应该过量以确保氢气*燃烧，三种气体的比例为Air：H2=（6～8）：1，N2：H2=1：（0.85～1）或空气量应该更大。在此条件下的毛细管离子色谱仪稳定性和灵敏度高，能够保证作出的定量校正因子可靠。
环境条件的因素
色谱仪对温度环境的要求并不特殊，一般在5～35℃的室温条件下即可满足操作要求，对于湿度环境一般要求在20%～85%为宜。在高湿度的地区，使用某些型号的色谱仪时，会因为环境湿度大而导致仪器的绝缘性能下降，若在高灵敏度挡位操作响应值则会下降。工作人员在使用毛细管离子色谱仪时遇到上述现象应该采取必要的措施。使用环境条件：相对湿度：﹤85%，工作环境温度：15—30℃，电源电压：220±10%，应配有光洁平整的工作台。