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在食品行业中的应用非常广泛：
它可以用来检测出食品中的：亚硝酸盐与硝酸盐，亚硫酸盐，聚磷酸盐，苯甲酸和山梨酸等组分的含量。其中，硝酸盐和亚硝酸盐作为食品添加剂，目前还，因此非常有必要检测它们在食品中残留量。亚硫酸盐，苯甲酸和山梨酸因为一些人对它有过敏反响，很多和地区严格限制其在食品中的含量。
在医疗卫生方面的应用：
药物与人类的健康、生活品质的息息相关，许多药品因为遭到纯度的影响，药效不能充分发挥，甚至产生毒副作用；服用前需作各类实验，带来许多麻烦，多功能离子色谱仪的检测就比较简单，是分离与纯化药物的。因为离子色谱仪具备灵敏度高、快速轻便和专一性的特点，普遍利用于药物分析，特别在影响因素较多的时候，表现得比别的办法好。
在超纯水制备行业的应用：
因为微电子行业和核发电厂中对所使用的高纯水和循环水品质要求特别高，其杂质含量多小于lg/L，在现有分析检测仪器方面，非离子色谱仪莫属。
在石油石化行业的应用：
它可用于检测石化炼油、化肥外排污水等成分复杂的石化工业废水中，F-, Cl-, NO2-,PO43-,NO3-,SO42-等常见阴离子的含量。在石油开采领域中，多功能离子色谱仪还可用于测定油田水中阴阳离子的含量，效果显着。